2668年、大地は気候変動と争いの果てに海へ沈み地上文明は崩壊した。生存した人類は海中移動型都市アルトランティスで生活をしている。そこに暮らす少女、エミジュール・ウェルヌスは全ての謎が眠る深海を探索する”海底調査隊”に憧れている。だが彼女は目的の為ならば多少の規則を破る為、調査隊から問題視され入隊は危うい…。そんな中、彼女は調査隊に自分をアピールする一遇のチャンスが訪れるが…